こんにちは！

残念ながら、Spineの出力オプションにはαチャンネルだけの情報を書き出すといった機能がありません。そのため、ご希望の内容を実現するには、あらかじめαマスク用の画像をPhotoshopなどの画像編集ソフトウェアから書き出して用意しておき、それをSpineのテクスチャパッカーを通してパッキングすることによって、RGBイメージと同じ座標情報を持ったαマスクのアトラス画像を書き出すことになります。

また、ご不明な点について取り違えていたらすみませんが、「スプライトシート」とおっしゃっているので、以下のようなグリッドでパッキングする方法もお探しでしたか？

もしそうであれば、まずスケルトンのアニメーションをエクスポートタイプ：アニメーションでPNGの連番画像を書き出して、その後でテクスチャパッカーの 出力 > パッキングの設定をグリッドにした上でテクスチャ・パッカーを使用してパッキングすると上の画像のようにフレームごとに並べられたアトラス画像＋テキストアトラスファイルを書き出すことができます。

上記が回答になっていれば幸いですが、何か追加で知りたい情報などがあればお気軽にご質問ください。
どうぞよろしくお願いいたします。

お役に立てたようで良かったです！