他に正しいやり方があるかもしれませんが、置換で対応できると思います。
シルエットのピクセルやファイル名含めて、色以外すべて同一の画像を使う前提です。
そうでないと原点がずれます。
1.
スキン分のフォルダを用意し、置き換えを行うファイル名はすべて同じにします。
imageフォルダに色違いの素材ディレクトリを参照できるパスを設定します。
（スキンのディレクトリ構造は同じ階層にします。）
2.
スキン作成後、スキンプレースフォルダを作成してアタッチメントを入れ込みます。
（アタッチメントのみフィルタして複数実行可）
3.
スキンをコピーして、選択されている状態にします。
4.
検索と置換で以下のように設定します。
検索：コピー元のフォルダ名
置換：置き換えたい色が入っているフォルダ名
範囲：Current skin
フィールド：パス
タイプ：メッシュ、（必要に応じて）領域
5.
置換を実行します。
正しい置き換え文字列が設定されていれば、表示されるはずです。
もし、もっと簡単な方法があれば教えてもらえると幸いです。
また、推奨されないかもしれないですが、SpineはJSONを出力できるので、JSONの中身を書き換えてこの工程を自動化する事も可能です。
